هزینه‌های درمانی بالا و عدم دسترسی به بیمه، تأمین سلامت مهاجران افغانستانی را با دشواری مواجه می‌کند. فرایند بیمه شدن مهاجران افغانستانی در ایران، به جز برای بیماران خاص* که هزینه‌ی بیمه‌ی آن‌ها توسط کمیساریای مهاجران سازمان ملل پرداخت می‌شود، بسیار دشوار است. مهاجران قانونی و دارای مدرک، باید تمام حق بیمه‌ی سالانه را یک‌جا و برای تمام اعضای خانواده پرداخت کنند تا بتوانند از پوشش بیمه‌ی سلامت عادی، بهره‌مند شوند. این مبلغ در سال ١۴٠٢ برای یک خانواده‌ی چهار نفره، بیش از ۶ میلیون تومان و برای یک خانواده‌ی شش نفره بیش از ٩ میلیون تومان است. بسیاری از خانواده‌های مهاجر، حتی اگر دارای مدرک اقامت باشند، استطاعت پرداخت چنین مبلغی را ندارند! بنا به یک گزارش، به جز ١٢٠ هزار بیمار خاص* که توسط سازمان ملل تحت پوشش بیمه‌ی سلامت قرار گرفته‌اند، حدود ۵٠ هزار افغانستانی از بیمه‌ی سلامت بهره‌مند هستند و بقیه‌ی مهاجران دارای مدرک از این بیمه برخوردار نیستند (یعنی حدود ۵۸۰ هزار نفر علیرغم امکان قانونیِ بیمه شدن، به دلیل حق بیمه‌ی گران قیمت از خدمات بیمه‌ای بی‌بهره اند). این دشواری‌ها، برای مهاجران بدون مدرک (با ٢.٢ میلیون نفر جمعیت) که فاقد هرگونه حمایت بیمه‌ای هستند و حتی برای دریافت ساده‌ترین خدمات بیمارستانی یا سرپایی به مشکل برمی‌خورند، مضاعف است. این دسته از مهاجران، برای مراجعه به مراکز درمانی، حتی برای دریافت خدمات ضروری، دائماً با وحشت از بازگردانده شدن اجباری به کشورشان مواجه‌اند. در حالی که پیگیری نیازهای درمانی هیچ ربطی به دیپورت افراد ندارد و بیماران افغانستانی در بیمارستان ها در امنیت‌اند. اما احساس خطر دائمی و زندگی بی‌ثبات و همواره در معرض تهدید، ترسی را در جان آنها نهادینه کرده که متاسفانه نمی‌توانند به مراکز درمانی هم اعتماد کنند و این مساله موجب بغرنج تر شدن وضعیت سلامتی آن‌ها می‌شود.